W 1987 do KPN przystąpiła organizacja akademicka Orzeł Biały, wydająca pismo o tej samej nazwie. Kierowali nią kolejno: Mazurkiewicz, Gawkowski oraz Katarzyna Dubielecka. W 1987 zaczęły się także ukazywać nowe konfederackie pisma młodzieżowe: "Wolny Strzelec" w Warszawie oraz "Wiarus" w Płocku. W tym samym roku do warszawskiej Konfederacji przystąpiła także grupa polityczna - "Niezawisłość" (Zbigniew Adamczyk, Andrzej Chyłek, Krzysztof Lancman), której uczestnicy aktywnie włączyli się w działalność Wydawnictwa Polskiego w Warszawie.

11 listopada 1987 w pochodzie po mszy w kościele św. Krzyża pod Grób Nieznanego Żołnierza brało udział ok. 5 tys. osób. Przemawiał Leszek Moczulski (i Seweryn Jaworski) a młodzi działacze KPN złożyli przysięgi.

Poważnym ciosem dla warszawskiej KPN była śmierć w 1987 Andrzeja  Szomańskiego (dotychczasowego szefa obszaru I, który doskonale dogadywał się z młodzieżą). Jego miejsce jako szefa KAB-u obszaru zajął Bogdan Koźmiński.

W 1988 powstała Polska Organizacja Młodzieżowa a młodzi konfederaci na Uniwersytecie Warszawskim zaczęli prowadzić stały punkt sprzedazy wydawnictw KPN (podobne punkty na terenie UW miały także NZS i PPS). 

17 kwietnia 1988 odbyły się w Warszawie niezależne obchody 45-lecia powstania w getcie warszawskim. Przybyli konfederaci także spoza Warszawy i KPN była bardzo widoczna w trakcie tej imprezy. 

Równolegle zaczęły się rysować tendencje dezintegracyjne. Ich obrazem są losy Ruchu Katolickiej Młodzieży Niepodległościowej (RKMN) - organizacji utworzonej w 1987 z połączenia środowiska pisma "Nie Chcemy Komuny" Gęsickiego oraz pisma "Słowo Niepodległe" Nowickiego. RKMN wydawał także pisma "Z podniesioną głową". Pod patronatem warszawskich parafii św. Stanisława Kostki oraz św. Jana Kantego działacze RKMN zorganizowali obozy letnie dla młodzieży. Na przełomie 1988 i 1989 grupa Gęsickiego zerwała z KPN i przystąpiła do FMW występując początkowo jako RKMN-FMW. Po majowym rozłamie (w 1989), który nastąpił z kolei w FMW (przyczyną był stosunek do wyborów kontraktowych) - grupa Gęsickiego była wśród tych, którzy powołali Komisję Krajową FMW i związali się z radykalnym nurtem opozycji (m.in. PPN, którego liderzy byli oskarżani o inspirowanie rozłamu w FMW). W styczniu 1990 grupa Gęsickiego przystąpiła do PPN.

Z kolei w Płocku jesienią 1987 Jacek Pawłowicz i kilka innych osób przeszło z KPN do PPS. Nowym szefem okręgu w Płocku został Słowiński a po jego rezygnacji - Zieliński. Jednak na początku 1990 działalność KPN w Płocku zanikła.

Odwrotnie wyglądała sytuacja w Radomiu, gdzie pod koniec lat 80. aktywność KPN-u zwiększyła się. Wiosną 1989 radomska KPN wydawała pisma: "Kontra" i  "Kontra komunie" (oba sygnowane przez KPN) oraz "Solidarność Młodych" (pismo młodych robotników, studentów i uczniów szkół średnich) oraz "Nasze Wiadomości" (organ FMW). Do najbardziej aktywnych konfederatów należeli: Krzysztof Bińkowski, Artur Łepecki, Grzegorz Ochnia i Dariusz Sońta. Specyfiką radomskiej KPN było organizowanie happeningów w stylu Pomarańczowej Alternatywy (np. 31 marca 1989). 

W wyborach kontraktowych 1989 Moczulski i Król z warszawskiej KPN kandydowali poza Warszawą (Moczulski - w Krakowie, Król - w Grudziądzu), zaś w samej Warszawie KPN wystawiła Gawkowskiego.

Jesienią 1989 warszawska KPN włączyła się do ogólnopolskiej akcji konfederackiej (zainicjowanej w Katowicach) okupacji lokali PZPR i jej przybudówek. Szczególnie spektakularna była okupacja gmachu KC PZPR przez warszawskich konfederatów. W konsekwencji tych działań w 1990 warszawska KPN otrzymała od miasta lokal (początkowo w Pałacu Kultury, później przy ul. Foksal, w końcu na Nowym Świecie). 

W marcu 1990 Sejm uchwalił ustawę o likwidacji partyjnego koncernu RSW "Prasa-Książka-Ruch". Poszczególne tytuły prasowe przekazano różnym partiom politycznym. KPN otrzymała prawo do wydawania trzech pism: "Sztandaru Młodych", "Motoru" oraz "Razem". Przeciwko temu zbuntowały się zespoły redakcyjne tych czasopism. Ze "Sztandaru Młodych" odeszli prawie wszyscy dziennikarze. Na bazie "Razem" wydawano "Opinię" (w 22-tysięcznym nakładzie), którą zaczęto sprzedawać w kioskach. Całe przedsięwzięcie zakończyło sie niepowodzeniem (nie tylko zresztą w przypadku tytułów przekazanych KPN - podobny los spotkał wszystkie pozostałe pisma, które przekazano innym partiom politycznym).

Warszawska KPN uczestniczyła także w trzeciej ogólnopolskiej akcji konfederackiej pod hasłem "Sowieci do domu" blokując w sierpniu 1990 bazę Armii Czerwonej w Rembertowie.

W wyborach samorządowych w maju 1990 warszawskiej KPN udało się zdobyć zaledwie 2 mandaty na Żoliborzu. 

Rozczarowanie wynikiem tych wyborów było jednym z najważniejszych czynników, który doprowadził do rozłamu w KPN, który nastąpił w 1990. W prawach członków KPN zawieszono Gawkowskiego i Mazurkiewicza, w związku z tym niemal wszyscy członkowie organizacji akademickiej Orzeł Biały odeszli z KPN, a część z nich przystąpiła do KPN-Frakcja Demokratyczna. KPN-FD w wyborach prezydenckich poparła Wałęsę przeciwko Moczulskiemu.

Część konfederatów zniesmaczonych klimatem kłótni, jakie towarzyszyły rozłamowi w 1990 (np. Woźniak) zaniechała działalności politycznej w KPN.

Tymczasem w wyborach parlamentarnych 1991 w Warszawie mandat poselski zdobyli: Krzysztof Król i Zbigniew Adamczyk, w Siedlcach - Jan Mizikowski, w Płocku - Michał Tokarzewski, w Radomiu - Dariusz Sońta, w Ostrołęce - Mieczysław Pawlak. Leszek Moczulski został wybrany posłem z Krakowa a Michał Janiszewski z województw: olsztyńskiego i elbląskiego. Ponadto z listy krajowej KPN posłami zostały dwie warszawskie konfederatki: Katarzyna Pietrzyk i Barbara Różycka oraz Józef Pawelec. W sumie więc obszar I reprezentowany był w 51-osobowym klubie poselskim KPN przez 11 osób.