Jesienią 1987 doszło do odbudowy struktur KPN w Toruniu. Przyczyniło się to do powstania - wiosną 1988 - struktur KPN w Gdańsku. Początkowo był to Okręg KPN w Gdańsku, który podlegał władzom Obszaru VIII w Toruniu. Na czele tego okręgu stał były działacz gdańskiej FMW - Zbigniew Justa. W skład KAB-u Okręgu wchodzili także: Piotr Czarnecki i Andrzej Cieśliński.

4 sierpnia gdańscy konfederaci (Justa oraz Daniel Kloskowski) zostali zatrzymani w rejonie Piotrkowa w pociągu relacji Gdańsk- Kraków, pobici i ukarani przez kolegium ds. wykroczeń za udział w rozrzucaniu ulotek z pociągu. Mimo tego incydentu dołączyli do uczestników Marszu Szlakiem I Kompanii Kadrowej, który rozpoczął się 6 sierpnia 1988 w Krakowie.

Jesienią 1988 gdański okręg KPN rozpoczął wydawanie pisma "Konfederata Gdański". Powstał także Okręg KPN w Starogardzie Gdańskim, na czele którego stanął Piotr Aszyk.

29 stycznia 1989 w KPN w Gdańsku (wspólnie z konfederatami z Bydgoszczy, Chełmna, Grudziądza i Torunia) zorganizowali demonstrację w Gdańsku, rozpędzoną przez milicję.

20 kwietnia 1989 odbyło się spotkanie Leszka Moczulskiego ze studentami Uniwersytetu Gdańskiego, co było impulsem do rozbudowy struktur Konfederacji.

Utworzono Obszar IX KPN z siedzibą w Gdańsku. Szefem obszaru został Aszyk. Struktury KPN powstały także w Słupsku i Kościerzynie (Jan Koszałka). W 1989 liczebność KPN w całym obszarze władze Obszaru szacowały na 97 osób.

Jeszcze w sierpniu 1988 Romuald Szeremietiew (w tym czasie - lider PPN) uczestniczył w strajku w stoczni remontowej w Gdańsku jako doradca komitetu strajkowego i redaktor strajkowego biuletynu. W wyniku bezkompromisowej postawy popadł w konflikt ze środowiskiem Lecha Wałęsy, ale zdobył popularność w radykalnym środowisku młodzieżowym. Doprowadziło to do nawiązania kontaktu miedzy Ryszardem Andersem (b. działaczem SW i szefem okręgu gdańskiego PPN) z Mariuszem Romanem - działaczem FMW. W rezultacie tych kontaktów w 1989 Roman został szefem młodzieżówki PPN w Gdańsku a w samej FMW doszło do rozłamu.

W sierpniu 1989 konfederaci z Gdańska (po raz drugi) wspólnie z młodzieżówką PPN (w dużej mierze częścią dawnej FMW - po raz pierwszy) wzięli wspólnie udział w "kadrówce".

28 stycznia 1990 gdańscy konfederaci - wspólnie z FMW, NP"S", PPN i SW uczestniczyli w okupacji siedziby KW PZPR w Gdańsku.

W 1990 szefem KPN w Gdańsku został Henryk Stępień. Już w latach 90. w KPN swoje kariery polityczne rozpoczynali m.in. późniejsi posłowie Platformy Obywatelskiej: Sławomir Neumann (Starogard Gdański - w 1994 został radnym z listy KPN w tym mieście) i Zbigniew Konwiński (Słupsk).

W Sejmie I Kadencji Obszar Gdański miał 3 przedstawicieli: Piotra Aszyka (wybranego z listy KPN w Gdańsku), Ryszarda Bogusza (wybranego z listy PZZ w Słupsku) oraz Zbigniewa Frosta (wybranego z listy krajowej). Ponadto w Olsztynie mandat poselski z listy KPN uzyskał Michał Janiszewski z Warszawy.