W 1988 nastąpiła reorganizacja - utworzono Obszar XII Białystok a na czele jego KABu stanął Jerzy Korolkiewicz. Rozpoczęto także wydawanie nowego pisma - "Opinia Białostocka". Pod koniec lat 80. liczebność członków KPN na Podlasiu szacuje się na ok. 200 osób.

W czerwcu 1988 białostocka KPN oraz Niezależny Ruch Ludowy "Solidarność" utworzyły Regionalną Komisję Koordynacyjną Partii i Stronnictw Niezależnych. Wskutek konfliktów środowisk opozycyjnych na tym terenie inne organizacje nie weszły w skład tej Komisji.

We wrześniu 1988 białostocka KPN wystąpiła z inicjatywą zmiany nazwy ulicy w Białymstoku z Dzierżyńskiego na Piłsudskiego. RKW "S" wydała wówczas oświadczenie, że akcja ta nie ma historycznego uzasadnienia, bowiem przed wojną ulica ta nosiła nazwę Legionowej. Ostatecznie w grudniu 1989 nazwę ulicy zmieniono na Legionowa.

Nieformalnym kapelanem białostockiej KPN (i "S") był ks. Stanisław Suchowolec. Zorganizował on Duszpasterstwo Ludzi Pracy, w którym aktywnie działało wielu konfederatów. Kilkakrotnie SB dokonywała zamachów na niego (uszkadzano mu samochód), odbierał telefony i listy z pogróżkami. W1988 białostoccy działacze "S" i KPN napisali list do Rzecznika Praw Obywatelskich Ewy Łętowskiej opisując działania SB wobec ks. Suchowolca, bezskutecznie prosząc Rzecznika o interwencję. 30 stycznia 1989 kapłan został zamordowany. Sprawców nie wykryto do dzisiaj. Pogrzeb księdza Suchowolca (3 lutego 1989) był wielką manifestacją patriotyczną. Brało w nim udział: 2 biskupów, 160 księży katolickich, 2 duchownych prawosławnych. Z Warszawy przyjechali Zbigniew Romaszewski i Seweryn Jaworski z „S” oraz Leszek Moczulski z KPN, a nadto ksiądz Sylwester Zych. Po umorzeniu śledztwa przez prokuraturę białostocka KPN zorganizowała akcję zbierania podpisów pod apelem o podjęcie tego postępowania a 6 listopada 1989 r. - wiec pod budynkiem prokuratury rejonowej w Białymstoku.

Białostocka KPN skrytykowała rozmowy Okrągłego Stołu zarzucając działaczom "S" uległość wobec władz. W wyborach kontraktowych KPN nie wystawiła tutaj własnych kandydatów.

13 grudnia 1989 KPN wspólnie z NZS i dwoma mniejszymi organizacjami zorganizowała manifestację przed białostockim ratuszem. Przemawiali: Jerzy Korolkiewicz i Artur Smólko. Domagali się ustąpienia gen. Jaruzelskiego ze stanowiska Prezydenta PRL oraz wolnych wyborów. Następnie manifestanci przeszli pod gmach KW PZPR, przed którym postawiono brzozowy krzyż i zapalono świece, aby uczcić ofiary stanu wojennego. Przemawiał Korolkiewicz, domagając się odebrania majątku PZPR i przekazania go na cele społeczne.

10 stycznia 1990 KPN, NZS i inne mniejsze organizacje zorganizowały wiec w Białymstoku, domagając sie przejęcia budynków należących do PZPR.

W 1990 część działaczy białostockiej KPN (w tym Stanisława i Jerzy Korolkiewiczowie) odeszli z partii tworząc KPN - Frakcję Demokratyczną. W wyborach prezydenckich jesienią tego roku grupa rozłamowa poparła Lecha Wałęsę.

W wyborach w 1991 z b. obszaru XII posłem z listy KPN wybrany został Waldemar Polczyński, który był jedynym przedstawicielem tego obszaru w Sejmie I kadencji.